Doctoraatsprogramma's bij CEU zijn volledig gefinancierde studieprogramma's met een standaardduur van 4 jaar die een Amerikaans en een Oostenrijks diploma toekennen. Het PhD-programma kent geen aparte sociologie- en antropologiesporen; beide disciplines zijn geïntegreerd. Studenten worden aangemoedigd om empirisch onderzoek uit te voeren met behulp van een breed scala aan methodologieën, maar theoretisch geïnformeerde benaderingen die een brede intellectuele agenda omarmen krijgen prioriteit.