Doctoraatsprogramma's bij CEU zijn volledig gefinancierde studieprogramma's met een standaardduur van 4 jaar die een Amerikaans en een Oostenrijks diploma toekennen. De belangrijkste doelstellingen van het doctoraatsprogramma in laatantieke, middeleeuwse en vroegmoderne studies zijn het aanmoedigen van transdisciplinair mediëvististisch onderzoek, het openen van nieuwe perspectieven en het ontwikkelen van nieuwe benaderingen.